Включает 4 научных отдела, в составе которых 19 лабораторий:

Отдел интродукции, селекции и агроэкологии - зав. отделом д.б.н.  Захаренко Геннадий  Сергеевич
•    Лаборатория дендрологии и цветоводства – заведующая к.б.н., с.н.с.  Улейская Людмила Ивановна, тел. (0654) 33-56-34, e-mail: LUlej@rambler.ru
•    Лаборатория южных плодовых культур – заведующий к.с/х.н., с.н.с. Смыков Анатолий Владимирович, тел. (0654) 33-55-16, e-mail: fruit_culture@mail.ru
•    Лаборатория новых ароматических и лекарственных культур – и.о. заведующего к.б.н., Марко Наталья Владимировна, тел. (0654) 33-53-67

•    Лаборатория агроэкологии – заведующий к.с/х.н., с.н.с. Костенко Игорь Владимирович, тел. (0654) 33-54-37, e-mail: igorkostenko@ukr.net
•    Лаборатория фитопатологии и энтомологии – заведующая к.б.н., с.н.с. Трикоз Наталья Николаевна, тел. (0654) 33-66-78, e-mail: natalitrikoz@rambler.ru

Отдел физиолого-биохимических исследований и биотехнологии – зав. отделом д.м.н. Ярош Александр Михайлович
•    Лаборатория биохимии, биотехнологии и вирусологии растений – заведующий д.т.н., проф., Ежов Валерий Никитович
•    Измерительная лаборатория – заведующая к.б.н. Палий Анфиса Евгеньевна, тел. (0654) 33-55-48, e-mail: onlabor@bigmir.net
•    Лаборатория физиологии и репродуктивной биологии растений – заведующая к.б.н. Ругузова Анна Игоревна, тел. (0654) 33-54-67, e-mail: molodech@ukr.net
•    Лаборатория фитореабилитации человека – заведующий к.м.н., с.н.с. Тихомиров Александр Александрович, тел. (0654) 33-56-11, e-mail: patents@ukr.net

Отдел степного растениеводства – зав. отделом к.б.н. Лацко Татьяна Анатольевна

•    Сектор карантина растений – заведующий к.б.н. Лацко Татьяна Анатольевна
•    Лаборатория мобилизации и сохранения растительных ресурсов – заведующая к.б.н., с.н.с.  Свиденко Людмила Викторовна, тел. (05549) 5-44-43, e-mail: svid@yandex.ru

Отдел природных экосистем и заповедного дела – зав. отделом д.б.н., с.н.с.  Маслов Иван Игоревич
•    Природный заповедник "Мыс Мартьян". Лесничество – заведующий д.б.н., с.н.с. Маслов Иван Игоревич,  тел. (0654) 33-66-78, e-mail: maslov_ivan@mail.ru.
•    Служба охраны
•    Лаборатория флоры и растительности – заведующий к.б.н., с.н.с. Садогурский Сергей Ефимович, тел. (0654) 33-55-21, e-mail: ssadogurskij@yandex.ru
•    Лаборатория лесных экосистем – заведующий д.б.н., с.н.с. Исиков Владимир Павлович,  тел. (0654) 33-53-67
•   
Отдел интеллектуальной собственности и маркетинга инноваций – зав. отделом к.с/х.н. Литвинов Николай Павлович
•    Лаборатория маркетинга инноваций и информации – заведующий к.т.н. Шишкин Валерий Анатольевич, тел. (0654) 33-56-16, e-mail: nbg@yalta.crimea.ua
•    Сектор стандартизации и метрологии – заведующая к.с/х.н., с.н.с. Бакова Надежда Николаевна, тел. (0654) 33-55-19, e-mail: tk_bizain@ukr.net
•   Сектор патентно-лицензионный работы – заведующая к.с/х.н. Канцаева Умамат Исрапиловна,  тел. (0654) 33-64-24, e-mail: angi1959@mail.ru
•    Научная библиотека – заведующая Бернар Наталья Георгиевна, тел. (0654) 33-54-58.
 
В составе НБС-ННЦ -  4 опытных хозяйства в Крыму и Херсонской области, а также отделение фиторекреации. Для внедрения и реализации продукции при НБС создано Государственное предприятие «Торговый дом «Никитский сад».