В НБС-ННЦ специализированный ученый совет по защите диссертационных работ функ-ционирует с 1991 года. Первоначально была открыта специальность ботаника, с 1999 г. к ней до-бавилась биотехнология. На сегодняшний день приказом ВАК Украины № 674 от 19.10.2009 спе-циализированному ученому совету Д 53.369.01 при НБС-ННЦ предоставлено право на период до “16” ноября 2012 г. проводить защиты докторских и кандидатских диссертаций по специально-стям 03.00.05 - ботаника и 03.00.20 - биотехнология (биологические науки).
Председатель спецсовета д.т.н., проф., акад. НААН В.Н.Ежов, заместитель председателя – д.б.н. Г.С.Захаренко, учёный секретарь – к.б.н. С.А.Садогурская.
     Состав совета насчитывает 16 членов, из которых 11 – специалисты НБС-ННЦ, 5 – представители ведущих научно-исследовательских учреждений и ВУЗов Украины (Херсонского государственного университета МОН Украини,  Национального университета биоресурсов и природопользования Украины Кабинета министров Украины, Южного филиала Национального университета биоресурсов и природопользования Украины "Крымский агротехнологический университет" Кабинета Министров Украины, Южного биотехнологического центра в растениеводстве УААН и РВУЗа "Крымский инженерно-педагогический университет" МОН Украины ). В их числе 14 докторов наук, 7 профессоров и 1 академик.
    За период 1991-2008 гг. в совете защищено 19 докторских и 69 кандидатских диссертаций. За последнее время полномочий совета в 2009-2011 гг. проведены защиты 16 диссертаций (в том числе - 11 по специальности 03.00.05 – ботаника и 5 по специальности 03.00.20 – биотехнология).
    К рассмотрению принимаются диссертации по направлениям, разрабатываемым специали-стами НБС-ННЦ и включенным в паспорта соответствующих специальностей, которые утверждены ВАК Украины. В области ботаники это, в первую очередь, флористика и фитоценология, фитосозология, антропогенная динамика растительного мира, ботаническое ресурсоведение, а также интродукция, акклиматизация, анатомия, морфология и эмбриология растений. В области биотехнологии – разработка научных основ создания новых биотехнологий с помощью методов культуры тканей in vitro; изучение физико-химических и биохимических основ биотехнологических процессов; изучение закономерностей роста и развития клеток и т.д.
    Спецсовет НБС-ННЦ объединил в своём составе ведущих специалистов юга Украины в областях ботаники и биотехнологии. Руководствуясь соответствующими нормативно-правовыми документами и принципами научной этики, они предъявляют высокие требования к рассматриваемым диссертационным работам, дают всестороннюю оценку теоретическому и практическому уровню профессиональной подготовки соискателей. Согласно требованиям ВАК Украины заседания совета по согласованию с соискателем проводятся на украинском или русском языках. За период существования совета, не было отмечено нарушений действующих положений относительно процедуры защиты, подготовки документации и т.д. Заседания проходят в форме плодотворных дискуссий, что делает их заметным событием в научной жизни региона. Таким образом, спецсовет не только выполняет функцию, возложенную на него в системе подготовки и аттестации научных кадров высшей квалификации. Специалисты разных научных учреждений имеют возможность плодотворного профессионального общения, что является необходимым условием функционирования и развития науки.